Case Study 9.8: An AIDS Study
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Variables:
ID Patient id
SEX Gender of patient
TYPE CP ==> both patient and their partner infected
DP ==> patient's partner is NOT infected
CD4, CD8, RNA: cell counts of patient (missing = ".")
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c98.dat:
id sex type cd4 cd8 rna
1 m CP 334 501 290000
2 m CP 275 1244 420000
3 m CP 9 46 730000
4 m CP 394 1301 31000
5 m CP . . 360000
6 2 CP 354 954 500
7 m CP 141 536 10000
8 m CP 248 792 .
9 m CP 273 987 36000
10 m CP . . 770000
11 f CP 111 430 6600
12 m CP 399 1569 3500
13 m CP 386 1138 9400
14 m CP 38 218 56000
15 f CP 937 755 500
16 m CP 624 1165 24000
17 m CP 37 419 45000
18 m CP 146 932 630000
19 m CP 61 217 1400000
20 m CP 26 248 870000
21 m CP 498 1176 130000
22 m CP 513 1165 500
23 m CP 32 219 55000
24 m CP 92 624 110000
25 m CP 141 764 66000
26 m CP 5 146 620000
27 m CP 16 545 .
28 m CP 227 668 330000
29 m CP 6 125 930000
30 m CP 307 538 120000
31 f CP 83 268 23000
32 m CP 316 798 78000
33 f CP 463 491 66000
34 m CP 678 1481 18000
35 m CP 12 217 430000
36 m CP 16 401 900000
37 m CP 4 134 1100000
38 m CP . . 140000
39 f CP 544 637 1800
40 m CP 262 852 500
41 m CP 430 1033 110000
42 m CP 520 444 6300
43 m CP 289 593 3200000
44 m CP 269 941 380000
45 f CP 18 295 .
46 f CP 24 84 4700
47 m CP 1066 1038 100000
48 m CP 564 1452 500
49 m CP 147 1544 120000
50 m CP 18 360 640000
51 m CP 277 1267 86000
52 m CP 218 281 680000
53 m CP 3 111 490000
54 m CP 11 175 .
55 m CP 101 554 330000
56 f CP 232 718 500
57 m CP 359 1125 .
58 m CP 387 1588 59000
59 f CP 1095 1460 500
60 m CP 544 1021 61000
61 m CP 222 1693 190000
62 m CP 139 882 .
63 m CP 406 873 28000
64 m CP 583 965 22000
65 m CP 32 483 .
66 m CP 248 1468 6600000
67 m CP 6 339 2000000
68 m DP 747 2314 12000
69 m DP 301 780 500
70 m DP 60 1024 .
71 m DP 653 1730 500
72 f DP 319 456 .
73 m DP 637 917 .
74 m DP 259 2100 19000
75 f DP 94 692 41000
76 m DP 109 323 1400000
77 f DP 886 1716 .
78 m DP 613 2763 6300
79 m DP 86 977 .
80 m DP 394 2267 70000
81 f DP 457 705 .
82 m DP 214 1779 50000
83 m DP 282 1207 180000
84 m DP 655 974 23000
85 m DP 176 600 120000
86 m DP 828 2164 23000
87 m DP 981 1326 500
88 m DP 724 1042 .
89 m DP 607 1997 190000
90 m DP 781 1074 210000
91 m DP 19 94 .
92 f DP 56 468 .
93 m DP 625 2326 .
94 f DP 278 497 .
95 m DP 268 2915 3200000
96 m DP 627 1296 32000
97 m DP 811 834 .
98 m DP 677 634 .
99 m DP 286 932 .
100 m DP 894 979 500
101 m DP 64 456 180000
102 m DP 182 1099 8900
103 m DP 322 2061 .
104 m DP 670 1260 500
105 f DP 426 1053 .
106 m DP 71 670 78000
107 m DP 544 1879 17000
108 m DP 632 2086 .
109 m DP 6 394 260000
110 m DP 81 309 .
111 m DP 257 513 1000000
112 f DP 30 431 .
113 m DP 343 572 .
114 m DP 347 490 500
115 f DP 464 629 .
116 m DP 235 1000 .
117 f DP 366 1538 .
118 m DP 405 756 30000
119 m DP 870 1452 .
120 m DP 1104 1325 .
121 f DP 227 1296 .
122 m DP 791 1476 .
123 m DP 410 746 250000
124 f DP 566 2180 20000
125 m DP 724 1941 14000
126 m DP 111 1183 6800
127 m DP 329 804 110000
128 m DP 739 3466 500
129 f DP 570 1026 500
130 m DP 29 260 780000
131 m DP 644 2035 2600
132 m DP 628 1310 .
133 f DP 346 1056 .
134 f DP 420 2370 12000
135 m DP 432 1273 500
136 m DP 1180 2513 500
137 m DP 798 595 3300
138 m DP 1433 1159 2100
139 f DP 754 1646 .
140 m DP 898 1103 500
141 m DP 700 2093 51000
142 f DP 414 973 6400
143 m DP 640 1291 .
144 m DP 874 1841 500
145 m DP 14 1509 .
146 m DP 800 835 .
147 f DP 180 343 .
148 m DP 394 1222 550000
149 m DP 55 1271 .
150 f DP 740 891 500
151 m DP 679 2437 35000
152 m DP 697 1089 .
153 m DP 386 1310 .
154 m DP 21 465 150000
155 m DP 282 1318 150000
156 m DP 19 408 230000
157 m DP 234 894 290000
158 m DP 990 1097 .
159 m DP 420 1897 140000
160 f DP 722 1570 .
161 m DP 438 1993 25000
162 f DP 36 464 .
163 m DP 178 1169 500
164 m DP 80 1036 .
165 m DP 305 1274 19000
166 m DP 644 2656 4600
167 m DP 288 1189 15000
168 f DP 745 1151 .
169 m DP 388 961 .
170 m DP 818 1321 59000
171 m DP 28 301 160000
172 f DP 1205 1666 500
173 m DP 274 495 500
174 m DP 500 1240 28000
175 m DP 32 501 150000
176 m DP 665 1017 4600
177 m DP 4 116 340000
178 f DP 794 1726 39000
179 f DP 788 1363 1700
180 m DP 168 2421 44000
181 m DP 684 2575 500
182 f DP 332 633 21000
183 m DP 1653 801 85000
184 m DP 19 543 43000
185 m DP 487 958 450000
186 m DP 152 345 690000
187 m DP 431 927 500
188 m DP 623 1005 500
189 m DP 581 1091 19000
190 m DP 78 1392 140000
191 m DP 403 746 .
192 f DP 484 604 12000
193 m DP 462 934 50000
194 m DP 50 1569 500
195 m DP 99 1174 500
196 m DP 614 1891 20000
197 m DP 245 1142 9100
198 f DP 498 862 500
199 m DP 19 173 35000
200 m DP 412 1133 .
201 m DP 911 1551 .
202 m DP 70 1292 .
203 f DP 477 555 26000
204 m DP 959 1444 190000
205 m DP 19 534 33000
206 m DP 402 1253 .
207 f DP 293 840 2500
208 f DP 509 1357 23000
209 f DP 45 244 .
210 m DP 462 1013 .
211 f DP 413 1136 .
212 m DP 782 2212 110000
213 m DP 1128 668 .
214 m DP 738 627 .
215 m DP 510 1297 .
216 m DP 219 1610 16000
217 m DP 217 326 500
218 m DP 514 1250 .
219 m DP 182 1331 27000
220 m DP 169 553 170000
221 f DP 11 507 87000
222 f DP 9 248 14000
223 m DP 438 963 .
224 f DP 12 754 40000
225 m DP 52 965 62000
226 m DP 850 1954 500
227 m DP 227 631 .
228 f DP 312 433 .
229 f DP 699 1179 500
230 m DP 399 992 8900
231 m DP 158 2079 48000
232 m DP 707 1154 4100
233 m DP 283 650 110000
234 m DP 635 1188 .
235 f DP 6 393 96000
236 m DP 299 784 48000
237 m DP 397 757 45000
238 m DP 353 1602 500
239 m DP 284 1886 21000
240 m DP 152 1506 .
241 f DP 201 866 25000
242 m DP 64 794 .
243 f DP 342 1367 42000
244 m DP 275 1331 40000
245 m DP 263 1183 500
246 m DP 653 2188 290000
247 m DP 790 978 2700
248 f DP 43 853 24000
249 m DP 5 154 3300000
250 f DP 6 356 28000
251 m DP 14 215 .
252 f DP 1049 1187 1600
253 m DP 312 3029 .
254 m DP 1385 1022 500
255 m DP 314 825 190000
256 m DP 227 1092 .
257 f DP 104 828 93000
258 m DP 364 650 250000
259 m DP 352 704 2200
260 f DP 429 1918 10000
261 f DP 116 659 400000
262 f DP 855 1188 .
263 m DP 836 769 .
264 f DP 352 1359 .
265 m DP 49 1240 .
266 m DP 317 2202 200000
267 f DP 11 389 .
268 m DP 417 590 .
269 m DP 1776 1120 500
270 m DP 792 2069 500
271 f DP 640 1202 .
272 m DP 185 2127 .
273 m DP 1084 1345 58000
274 m DP 23 508 170000
275 m DP 604 1205 .
276 m DP 512 767 .
277 m DP 718 1144 .
278 f DP 772 624 .